Ежедневно коммунальные суда занимались сбором мусора с водной поверхности, а также ликвидировали загрязнения и убирали иловый осадок. Было ликвидировано почти 140 различных загрязнений, со дна было извлечено около 6,5 тысячи тонн песка и грунта.
Благодаря грамотной организации работы флота и баз сбора мусора, вся акватория Москвы-реки в границах города и судоходный участок Яузы находятся под постоянным контролем. Основные усилия по сбору плавающего мусора были сосредоточены в верховьях Москвы-реки, что позволило обеспечить чистоту русла ниже по течению.
В основном использовались суда-мусоросборщики, а в неглубоких местах — маломерные суда. Для извлечения донных наносов песка и грунта были задействованы плавкраны и несамоходные шаланды с буксирами.