В середине 19 века состояние детской медицины в Первопрестольной оставляло желать лучшего. Свидетельством тому была высокая детская и младенческая смертность. Детских больниц в городе попросту не существовало, а во взрослые детей не принимали.
Об открытии детской клиники хлопотали московские врачи. И в 1842 году благодаря поддержке московского генерал-губернатора князя Дмитрия Голицына больницу открыли в доме № 15 на Малой Бронной улице. Слава о клинике быстро распространилась на всю округу. Маленьких пациентов в «Бронную» везли из Москвы и Подмосковья.
Большую популярность больнице принесли возглавлявшие её квалифицированные врачи: Андрей Кроненберг, Леонид Высотский, Николай Тольский, Егор Покровский, Николай Яблоков, Дмитрий Горохов. Каждый из них внёс свой вклад в жизнь детской больницы и в развитие российской педиатрии.
С 1846 года при больнице стали вести занятия для студентов медицинского факультета Московского университета. Некоторые, такие как Николай Склифосовский и Нил Филатов, впоследствии стали всемирно известными врачами. Здесь же учился, начав ещё в студенческие годы пробовать себя на литературном поприще, Антон Чехов.
Поле пожара в 1883 году первое здание больницы закрыли. И тогда князь Александр Щербатов передал в дар детской больнице свои владения на Садовой-Кудринской. Новая больница заработала в 1887 году и была уже более современной. Её стали называть Софийской в честь княгини Софьи Щербатовой. С приходом советской власти учреждению присвоили имя первого русского педиатра Нила Филатова. И больницу стали называть Филатовской.